我們通常認為，有機肥是安全的。一些發達國家在有機農業實踐中，提倡施用有機肥而拒絕化肥。國內綠色食品的肥料標準中，也規定只準施用有機肥和微生物肥。所謂有機肥是指農家就地取材、自行積存制作的多種肥料，也稱“農家肥”。有機肥以富含有機質的動物、植物為原料積制而成，除含植物所必需的氮、磷、鉀外，還含有其他營養成分，故又稱完全肥料。常用的有人糞尿、廄肥、家禽糞 、家畜的蹄角、魚雜、骨粉等動物性肥料和油粕、綠肥、豆餅、醬渣、米糠、堆肥、塘泥、泥炭等植物性肥料。有機肥須經充分腐熟后才能施用，否則對作物是有害的。
一般認為，大量施用有機肥可改良土壤，使沙土變得肥沃、黏土變得疏松易耕，此外，還可協調土壤中空氣與水分的比例，從而有利于作物根系的生長和對水分、養料的吸收。然而，有機肥和化肥一樣 ，施用不當同樣會帶來硝酸鹽淋失、溫室氣體排放等生態威脅。目前，一些發達國家已經通過立法的形式來控制和指導農田有機肥的施用。近些年，我國規?；B殖業迅速發展，畜禽糞便中重金屬、抗生素等含量增加，有機肥的安全性也存在隱患。
一、是注意選擇優質的有機肥，選用商品有機肥時最好選用正規大廠生產的。
二、是有機肥必須充分腐熟后施用。
三、是配合生物肥施用，有機肥無論是基施還是沖施，最好配合生物肥施用，因為有機肥在與生物肥配合施用后，生物肥中的生物菌能加速有機肥中有機質的分解，使其更利于作物吸收。
四、是嚴格控制有機肥施用量，不可過量施用。
